تتوفر المؤسسة على أكبر مكتبة للكتب والوثائق والمخطوطات في مدينة شفشاون والإقليم، إذ لا يمكن أن يجد الباحث مثل هذه المكتبة التي تزخر بها المدينة، والمكتبة تعود إلى جهود الأستاذ علي الريسوني رئيس المؤسسة طيلة الخمسين سنة، إضافة إلى ما ورثه عن والده الأديب مولاي أحمد الريسوني، لذلك كان حريا بوفاء الأستاذ المؤرخ علي الريسوني أن يطلق اسم “مؤسسة آل البيت للشريف مولاي أحمد الريسوني” على هذا الكم الهائل من الرصيد العلمي الذي يتوفر عليه.
ويمكن تقسيم هذا الرصيد العلمي التاريخي إلى قسمين:
القسم الأول:الأرشـــــــــــيف
يحتوي على:
- المخطوطات العربية(أصول)
- المخطوطات العربية(مصورات)
- الوثائق التاريخية المرتبة( الأشراف الريسونيين)
- الوثائق التاريخية المرتبة( عامة)
- تآليف صاحب المؤسسة
- الأعلام البشرية
- الصور الفوطوغرافية
- الفيديو
- الأشرطة الصوتية
- المتحف العام ومتحف الكتابة والتوثيق
- مذكرات رئيس المؤسسة
- القسم العائلي
- الجمعيات
- الاحزاب المغربية
- الإدارات
- المدارس والمعاهد
- الجمعيات والجماعات الإسلامية
- القسم الدولي: فيه عدد من الدول والأقطار العالمية
- قسم جمعية الدعوة الإسلامية
- قسم الكتاتيب القرآنية
- القسم الإجتماعي
- الدعوة إل الله مع الناطقين بالإسبانية
القسم الثاني: المكـــــــــــتبة
تحتوي هذه المكتبة على هذه الأقسام الآتية:
- الكتب المطبوعة بالعربية
- المجلات العربية
- الصحف
- الأبحاث
- المطبوعات الإسبانية (كتب)
- المجلات الإسبانية
- الجرائد الإسبانية
- الأبحاث الإسبانية
- المطبوعات باللغات الاخرى:
- الفرنسية
- الإنجليزية
- الإيطالية
- البرتغالية
- الصينية
- الاوردية
- العبرية
- الروسية